石柱之地，古为《禹贡》梁州之域。西周、春秋时属巴国“南极黔涪”领地。战国时期先后分属楚黔中地。秦至东汉年间以境内七曜山为界分属巴郡、黔中郡和临江县（今忠县）、涪陵县（今彭水县）。三国至十六国成（汉）时期属涪陵郡涪陵县。南北朝至北周分属巴郡（今重庆）、临江郡之临江县（今忠县）。武帝保定初属南都郡原阳县〔建德四年改名怀德郡武宁县（今万州武陵镇）〕直至隋代（618）。唐武德二年（619）分浦州（今万州）之武宁县西界地置南宾县，为石柱建县之始。明洪武八年（1375）置石柱宣抚司，始设土司，隶重庆卫。天启元年（1621）升为宣抚司，隶虁州府（今奉节）。清乾隆二十六年（1781）改土归流，置石柱直隶厅，直隶四川省。民国二年（1913）改为石柱县，隶川东道，二十四年至三十八年十月先后隶四川省第八（署址酉阳）、第九（署址万县）行政督察专员公署。中华人民共和国成立后，石柱隶涪陵专区。1959年6月16日，国务院批准改石砫县为石柱县。1983年11月13日，国务院批准成立石柱土家族自治县。1988年6月至2000年6月先后隶四川省、重庆市黔江地区（开发区），2000年7月直隶重庆市。